O filtro biológico de fundo é o tipo de filtro de aquário mais antigo que temos notícia e ainda hoje (infelizmente) é usado por aquaristas no mundo inteiro. É um filtro com sistema simples, mas muito pouco eficiente.
O filtro biológico de fundo consiste em usar uma bomba de água para puxar a água do aquário através do próprio substrato (o próprio cascalho do aquário funciona como mídia para a fixação das bactérias nitrificantes). Alguns filtros de fundo mais modernos utilizam até algumas mídias em baixo do substrato com intuito de melhorar o resultado. Esses filtros possuem placas ou canos para fazer a captação de água por baixo do substrato.
Alguns filtros de fundo possuem apenas um borbulhador (não possuem bomba de água) para fazer a “circulação” do sistema. Esse filtro de fundo é um torturador de peixes. Ele circula pouco a água (oxigena pouco o aquário), não faz a oxigenação do substrato e cria uma zona anaeróbica ácida que favorece desenvolvimento de patógenos (causadores de doenças) de todos os tipos. Esse tipo de filtro devia ser proibido de ser vendido devido à sua ineficiência e os malefícios que causam aos habitantes do aquário.
O sistema de filtragem utilizado pelo filtro de fundo é o mais ineficiente de todos os sistemas utilizados por uma série de motivos que iremos explanar agora:
Baixa circulação: O substrato, por maior que seja a granulometria da areia ou das pedras, oferece uma resistência muito grande à circulação de água. Quem quiser fazer o teste é só encher uma garrafa de refrigerante cortada na base com areia e ver que a água sofre uma grande resistência ao descer (igual aqueles filtros que fazíamos na pré-escola). Isso prejudica a filtragem. Outro ponto é que a bomba não pode ser grande sob o risco de puxar o próprio substrato entupindo a circulação e/ou jogando a sujeira de volta para o aquário. Os filtros de fundo que possuem apenas borbulhadores não fazem a circulação da água.
Baixa oxigenação do substrato: devida à baixa circulação e da grande área envolvida, há uma grande possibilidade da criação de zonas sem oxigênio onde se desenvolvem uma série de bactérias e outros organismos patogênicos.
Acúmulo de sujeira: Já que o filtro é o substrato, toda a sujeira se acumula no substrato e a única maneira de limpar é limpando o substrato. Esse acúmulo prejudica em muito a filtragem já que não é possível uma separação de filtragem física e biológica. A sujeira favorece o desenvolvimento de patógenos como vermes e bactérias.
Baixa capacidade: Um filtro de fundo é para aquários muito pouco povoados, muito mesmo. Sua baixa circulação e baixa área de colonização permitem uma baixa taxa de filtragem biológica. Devido à baixa circulação, pH mais ácido do substrato e a baixa oxigenação a nitrificação fica grandemente comprometida. Um filtro de fundo nunca será suficiente para aquário com kinguios ou ciclídeos.
Incompatibilidade com plantas: É realmente difícil (para não dizer impossível) manter um filtro de fundo num aquário plantado. A altura do substrato e o pH baixo deste impede praticamente que qualquer planta sobreviva por muito tempo. Procure algum exemplo de aquário com filtro de fundo com mais de um ano que nenhuma planta saudáveis (também há mais de um ano no aquário) e bonitas como em outros aquários com diferentes sistemas de filtragem.
Alta necessidade de manutenção: É preciso manutenções constantes para evitar grande acúmulo de sujeira no substrato. Sem as manutenções regulares o risco do filtro dar um problema e perder o aquário é muito grande.
A única vantagem, se existir alguma vantagem comparando com todas as desvantagens, é que o custo de instalação é baixo, talvez não tão baixo em relação a filtros mais simples como os hang on e os filtros modulares internos.
Assim sendo, o filtro biológico de fundo se mostra uma péssima opção em relação aos outros sistemas de filtragem devido às suas grandes desvantagens e nenhuma vantagem em relação à filtragem, apenas ao baixo custo. Usar um filtro de fundo hoje, com opções quase no mesmo preço com um hang on, é condicionar os peixes a baixas condições de vida ou até mesmo maus tratos deliberados. Se algum lojista tentar de vender essa opção de filtro ou ele está mal intencionado ou ele não sabe o que está fazendo, é um barato que sai muito caro demais.
Alguns criadores de camarão ornamental utilizam a recolhimento da água pelo substrato para o sistema de filtragem não puxar o camarão, mas a filtragem é feita por outro sistema. Ainda assim, utilizando apenas para recolher água, há o acúmulo de sujeira no substrato.